В разгар Вьетнамской войны капитана Уилларда вызывают на секретное задание. Ему предстоит подняться вверх по реке, пересечь границу и проникнуть в камбоджийские джунгли. Там, в самом сердце непроходимой зелени, обосновался полковник Курц. Когда-то он был образцовым офицером, а теперь командование считает его сошедшим с ума. Курц отрезал себя от армии и создал в глуши собственное подобие королевства, где местные племена поклоняются ему как божеству.
Уилларду поручено найти отщепенца и ликвидировать его. Капитан садится на небольшой патрульный катер. Вместе с ним плывёт немногочисленный экипаж. Их путь лежит через охваченные войной территории. С каждым поворотом реки открываются новые картины хаоса. Они видят абсурдные стычки, беспорядочные бомбардировки, встревоженные лица мирных жителей. Война предстаёт не как череда героических подвигов, а как бессмысленная мясорубка, ломающая всех — и солдат, и тех, кто пытается здесь жить.
Путешествие превращается в странное, почти мистическое погружение в самые тёмные уголки человеческой природы. Команда катера сталкивается с неожиданными нападениями, наблюдает за американскими войсками, устроившими шоу для серферов посреди боевых действий, теряет своих людей. Чем ближе они к цели, тем сильнее меняется атмосфера. Джунгли сгущаются, звуки войны стихают, но ощущение опасности лишь растёт. Они слышат легенды о Курце — о его жестокости, но и о его странной, гипнотической мудрости.
Наконец, катер достигает заброшенного храма — логова полковника. Место окружено обезглавленными телами и молчаливыми воинами из местных племён. Сам Курц предстаёт перед Уиллардом не как безумный тиран, а как трагическая фигура. Он прошёл через весь ужас войны и сделал из него свои, чудовищные, выводы. Он говорит о природе зла, о лицемерии командования, которое послало Уилларда его убить. Капитан стоит перед страшным выбором: выполнить приказ или понять, что в этом безумии Курц, возможно, единственный, кто сохранил трезвый взгляд на происходящее.
Эта миссия вверх по реке становится для Уилларда путешествием не только вглубь джунглей, но и вглубь собственной души. Он видит, как война стирает границы между добром и злом, цивилизацией и дикостью, рассудком и безумием. Финал этой истории оставляет больше вопросов, чем ответов, заставляя задуматься о цене, которую человек платит, столкнувшись с абсолютным хаосом.